Unidad de diagnóstico y análisis molecular
Secuenciación Automatizada de DNA
I. La Unidad de Diagnóstico y Análisis Molecular. Esta Unidad se localiza en el Centro de Investigaciones Sobre Enfermedades Infecciosas (CISEI) del INSP y está integrada por tres investigadores y un técnico, altamente especializados en el área de Secuenciación de DNA.
Dr. Vicente Madrid Marina
Encargado del área de Genómica.
Especialidad: Bioquímica y Biología Molecular.
Dra. Elsa María Tamayo
Encargada de la Unidad de Secuenciación.
Especialidad: Bioquímica.
M. en C. Ulises Garza Ramos
Encargado de la Unidad de Secuenciación.
Especialidad: Biología Molecular.
M. en C. Rosa Elena Gómez
Operadora del equipo de Secuenciación.
Especialidad: Biología Molecular.
II. Objetivo de la Unidad. |
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Realizar investigación en enfermedades infecciosas utilizando las técnicas más avanzadas en la ciencia genómica. |
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III. Equipo con el que cuenta la Unidad. |
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La Unidad de Diagnóstico cuenta con un equipo de secuenciación automatizada ABI PRISM® 3100 Genetic Analyzer, que permite utilizar un sistema basado en el marcado por fluorescencia de los ácidos nucleicos y su posterior separación mediante electroforesis capilar. El sistema permite obtener lecturas de 500 a 800 bases. Esta técnica, es la más avanzada que se comercializa en la actualidad y permite el análisis del DNA de distintos organismos. |
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IV. Las aplicaciones de la secuenciación de DNA. El resultado de la secuenciación del DNA tiene múltiples aplicaciones para la investigación en áreas relacionadas con medicina, veterinaria y agricultura. Algunas de las aplicaciones son:
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V. Descripción de la metodología que se utiliza. |
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Para la secuenciación automatizada se utiliza DNA, el cual puede estar clonado en un vector o haber sido directamente amplificado por la técnica de Reacción en Cadena de la Polimerasa (PCR). El éxito en los resultados de secuenciación, está directamente relacionado con la calidad del templado (DNA) y para ello, es de suma importancia atender los siguientes requerimientos para el procesamiento y entrega de las muestras: 1. Extracción y Purificación de DNA. La extracción de DNA plasmídico se realizará mediante columnas Miniprep (“kits”). 2. Cuantificación de DNA El DNA debe estar visualizado en un gel de agarosa al 1% después de haber sido purificado (colocar 3µl en cada pozo y teñir con bromuro de etidio) y tomar fotografía del gel. Para determinar la concentración, ésta debe cuantificarse por espectrofometría a una longitud de onda de 260nm (ambas condiciones son importantes ya que el DNA puede tener contaminación de DNA genómico o RNA que afectan la absorbancia a 260nm por lo que la concentración de DNA plasmídico o producto de PCR será sobreestimada). Además es necesario cuantificar contaminantes de proteínas a 280nm y carbohidratos a 230nm y realizar las siguientes correlaciones:
3. Concentración del DNA para su secuenciación Todas las muestras deben estar en agua grado HPLC o MiliQ.
Preparar una alícuota de cada oligonucleótido a utilizar a 5 pmol/µl. Adicionar 1 µl (5 pmol/µl) del oligonucleótido a utilizar a cada tubo. Oligonucleótidos con los que cuenta la Unidad de Diagnóstico: T7 5´- TAA TAC GAC TCA CTA TAG GG -3´ Es preferible que las muestras no se procesen bajo alguna de las condiciones siguientes:
Responsables: M. en C. Ulises Garza Ramos Operadora: Universidad No. 655 |
- Última
actualización:
miércoles 26 agosto 2020 16:46:45 por Webmaster INSP